合作医疗是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。它为世界各国，特别是发展中国家所普遍存在的问题提供了一个范本，不仅在国内受到农民群众的欢迎，而且在国际上得到好评。在1974年5月的第27届世界卫生大会上，第三世界国家普遍表示热情关注和极大兴趣。联合国妇女儿童基金会在1980～1981年年报中指出，中国的“赤脚医生”制度在落后的农村地区提供了初级护理，为不发达国家提高医疗卫生水平提供了样本。世界银行和世界卫生组织把我国农村的合作医疗称为“发展中国家解决卫生经费的唯一典范”。
合作医疗在将近50年的发展历程中，先后经历了20世纪40年代的萌芽阶段、50年代的初创阶段、60～70年代的发展与鼎盛阶段、80年代的解体阶段和90年代以来的恢复和发展阶段。面对传统合作医疗中遇到的问题，卫生部组织专家与地方卫生机构进行了一系列的专题研究，为建立新型农村合作医疗打下了坚实的理论基础。
随着我国经济与社会的不断发展，越来越多的人开始认识到，“三农”问题是关系党和国家全局性的根本问题。而不解决好农民的医疗保障问题，就无法实现全面建设小康社会的目际，也谈不上现代化社会的完全建立。大量的理论研究和实践经验也已表明，在农村建立新型合作医疗制度势在必行。2002年10月，《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确指出：要“逐步建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”， “到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民”，“从2003年起，中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型合作医疗的农民每年按人均10元安排合作医疗补助资金，地方财政对参加新型合作医疗的农民补助每年不低于人均10元”，“农民为参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务不能视为增加农民负担”。
“推进新型农村合作医疗”面临的问题：
一、以“大病统筹”为主的模式难以从根本上解决农民医疗问题。新型农村合作医疗以“自愿参保”为原则。虽然人均10元的缴费标准不会给农民带来太大的经济负担，但是健康的青壮年人群患大病风险较小，参与积极性较低，风险较大的高危人群则倾向于参加，这样逆向选择极容易导致农村合作医疗基金入不敷出。在政府投入能力有限的情况下，提高缴费标准将是维持新农合基金运转的唯一选择，但是费率的提高必定使农民的参合率下降，导致新农合基金最终崩溃。同时，“只报销大病”容易诱发农民将“小病当成大病医”的道德风险，造成医疗支出的急速上升。此外，和大病相比，对农民健康威胁更为普遍的是常见病和多发病，1998年全国卫生服务总调查表明，农村约有37.7%的病人发病后并未及时就医,很多农民的大病都是由于耽误对小病的治疗而形成的。只负责大病统筹而疏于对小病的防治和保健工作，必定不能从根本上改善农民的医疗保障状况。
二、相同的人均缴费标准对于不同收入水平的农民有失公平。在新农合开展初期，制定统一的缴费标准是操作起来最简便的方法，但是在我国广大的农村地区，农民之间收入差距较大。收入较高的农户往往愿意参合，因为在大多数地区，只需缴纳10元就可获得部分“大病”医疗保障，回报率较高。而对于很多人均纯收入不足百元的贫困农民群体，10元参合费仍是一笔不小的开支，而且缴纳后不能马上见到实效，因而参与积极性较低。结果就是——富裕的农民获得了农村合作医疗的好处，而贫困的农民仍然没有得到任何保障，这显然违背了建立新型农村合作医疗防止农民“因病致贫、因病返贫”的初衷。
三、农民自愿参合的积极性不高。农民自愿参与是新型农村合作医疗顺利推行的基础和根本保证。虽然统计数据显示试点地区农民的参合率大都达到70%以上，但是这些试点一般都是经济发展相对较好地区，农民的支付能力较强，而且当地政府为了产生示范带动效应，加强了宣传投入力度，有些地方为了高参合率甚至出现在强制参合的现象。然而现实情况是在经济欠发达地区，农民对参加新农合的积极性普遍较差。以欠发达的江西赣州为例，调查结果显示50%的参合农户是在干部到家中说服后才交的，20%的农户只是盲目地“别人交，我也交”。在已参合的农户中，70%的人不了解参合知识，绝大多数农户对农村合作医疗的目的和意义一知半解，普遍对缴纳的10元参加的新农合抱有较高期望值，希望能马上得到回报，然而现实状况（大病统筹）又使农户积极性受挫，参合率自然不高。
四、农村合作医疗筹资效率低下，成本过高。由于农民对新农合了解甚少，自愿参保积极性很低，为了保证较高的参合率，很多工作人员不得不挨家挨户进行宣传、说服工作，大部分的参合额都是工作人员一个一个谈出来的。再加上农村地区农民居住非常分散，交通不便，更增加了筹资成本。另外，工作人员办事效率低下也是导致高筹资成本的重要原因。赣州市的调查显示，只有30%的工作人员主动学习合作医疗知识，大部分工作人员都是按部就班地进行宣传讲解工作，办事效率自然就低。据了解，60%的农民对工作人员的工作作风不满意，进一步挫败了农民的参合积极性。
五、农村合作医疗基金管理水平有待提高。现行的新农合基金管理模式主要有独立管理模式、银行（信用社）管理模式和保险公司参与模式三种。大部分试点地区采取的是“小而全”的独立管理模式，即各地区建立一套完整独立的、自上而下的管理系统，并配合一整套软、硬件措施。这样做虽然相对简单，但是它造成了条块分割、自成体系、相互不能兼容的局面，成为各级地方财政的沉重包袱。尤其是在经济欠发达的中西部地区，这种浪费的负面影响是相当大的。部分地区采用了在银行（信用社）设置基金帐户，做到专户储存、专帐管理、专款专用。虽然这样充分利用了银行庞大的业务网络，在收入和支出两个环节降低了管理成本，但是银行（信用社）的介入只是部分的，介入层次也很低，并不能真正提高新农合基金的管理和使用效率。少部分地区在新农合基金的管理中引入了保险公司。虽然保险业参与有利于控制新农合的运行风险，有利于节约政府成本，但是保险公司面临的最大问题就是对医疗机构的管控力度偏弱，对医疗费用上涨的控制还不够，而且引入保险公司又增加了保险公司与政府有关部门、医疗机构和参合农户的协调难度。
六、农村医疗救助制度和农村合作医疗制度未有机地结合。医疗救助制度是由政府统筹协调，民政部门组织实施，卫生、财政部门配合，对患大病农村五保户和贫困农民家庭的医疗费用按一定标准给予适当补助，以缓解其因病致病的一种制度。虽然医疗救助和新农合都是为了共同解决农民看病就医问题，但二者各有一套独立的筹资渠道、主管部门和工作对象。医疗救助资金主要来源于中央和地方预算、福利彩票的销售和社会捐助等，新农合资金则是由中央、地方和农户个人各负担1/3。医疗救助制度的运行依靠各地民政部门建立的管理机构，而新农合工作的开展则依赖于政府指导建立的单独的组织协调机构和经办、监管机构。总之，医疗救助和新农合在农村地区是完全割裂运行的，二者在机构设立、人员配备上存在大量的重叠，导致财政支出的巨大浪费。
七、农村基层医疗机构服务水平低。在全国大部分省市基本上都实现了乡镇有卫生院，村村有卫生室，但是由于医疗设备条件差，医务人员素质低，并不能满足参合农民的医疗需求。以安徽省16个“新农合”试点县为例，尽管在乡镇卫生院就医可比乡外就医多报销20%的医疗费用，但由于乡镇卫生院服务水平太低，60%的农户不得不选择在费用更高的县及县以上的大医院就医。更为严重的是，很多农村基层医疗机构限入了“缺人才——发展缓慢——经营困难——更缺人才”的恶性循环。据四川省卫生厅统计，四川全省乡镇卫生院中无专业学历的医务人员占40%，本科、专科学历的人员仅占9.8%，乡村医生中大专学历为1%，无专业学历的为72.5%，农村医疗人才匮乏已成为阻碍“新农合”长期安全运行的重要隐患。
八、农村医疗机构服务监管不完善。目前，新农合医疗费用报销基本上限于公立卫生系统，并选择定点医疗单位时也没有引入竞争机构，这就保护了落后的公立卫生机构，不利于医疗机构工作效率的提高。而且有调查显示，很多医院被新农合选为定点医疗单位后，次均住院费和门诊费用上涨较快，不合理用药、不合理检查问题比较突出，农民从报销中得到的实惠被不断上升的医疗费用抵销了，在一些地区，甚至出现了医患双方共同欺骗新农合组织，骗取医疗补助的现象。
