在黄乐平提供的一份《政府信息公开申请表》上，记者看到了其申请公开的信息内容，主要包括5个方面。
一是到目前为止，农业部共批准了多少种农业转基因生物进口？每一种在2011年和2012年的进口量分别是多少？
二是国家农业转基因生物安全委员会对孟山都远东有限公司申请的抗虫大豆MON87701等三个进口用作加工原料的农业转基因生物的安全评价结果如何？希望公开该安全评价结果以及安全评价报告全文。
三是农业部未批准任何一种转基因粮食种子进口到中国境内商业化种植的原因是什么？我国将来是否拟在国内进行转基因粮食作物商业化种植？是否有具体计划？计划如何？
四是在保护本土农业和农民利益方面，农业部采取了哪些措施或者将会采取哪些措施？有哪些数字可以说明？
五是农业部负责全国农业转基因生物标识的监督管理工作，请公开落实转基因生物标识制度的具体措施和落实情况，以及展开了哪些监督工作和违法处罚情况。
“这几个问题社会都非常关心，农业部作为主管部门，我希望从那里了解相关信息。”黄乐平说，6月21日，他通过快递向农业部递交了信息公开申请表。其后，7月5日，农业部在其官网上公布了三种转基因大豆的安全资料。
7月19日，黄乐平收到了农业部的答复公函，答复中，农业部已经在官网上公布的相关信息构成了主体部分。农业部表示，批准的农业转基因生物种类、农业转基因标识管理文件以及黄乐平提出的几种转基因进口生物的安全评价资料已经在农业部官方网站上公布，并给出了网址链接。
不过黄乐平对此并不满意。“公开的信息实际上只回答了一个半问题，即第二个问题和第一个问题的前半部分。”黄乐平说，对于其他问题，农业部以“申请信息属于咨询”为由拒绝公开。
8月11日，黄乐平以农业部不依法履行政府信息公开义务为由，向农业部申请行政复议，请求公开其6月21日申请的所有政府信息内容。
黄乐平说，他申请公开的信息，均属于农业部的职责范围，且不在“危及国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定”等法定可以不予公开之列，因此农业部以申请信息属于咨询为由拒绝公开相关信息缺乏法律依据。
对黄乐平的这一说法，农业部并不认同。农业部表示，农业转基因生物进口数量、国内转基因粮食作物商业化种植计划、转基因生物标识制度的落实情况等相关信息需要搜集、汇总和加工，因此不属于政府信息公开条例所指应公开的政府信息。
由于双方在这一问题上各执己见，对簿公堂或将在所难免。不过这并不是一件坏事。不管是对促进政府信息公开的规范化，还是对提升公众对转基因的认识，这都有积极意义。
专家表示，目前围绕转基因争论激烈，很多情绪化的极端言论充斥网络，很重要的原因就是缺少相互认可的讨论起点和交流基础，这就需要相关部门提供权威的信息。
“实际上，在我们许多生命科学研究者看来，转基因食品的安全是有保障的。”中国农业大学教授黄昆仑说，当前的争论是由于一些人利用无法考证的信息挑起事端，在我国民众对转基因食品还不了解的情况下，采取先入为主、夸大危害的方式，在民众中引起对转基因食品的质疑和恐慌。
黄昆仑说，现在支持转基因的一方，大多为进行生命科学研究的学者和对生命科学了解的人士，这个群体对转基因生物的本质有深入的了解，但是，他们的科普能力有限；而反对转基因的一方，大多不是研究生命科学的群体，他们对转基因的了解很少，容易被引导产生一些无限夸大的科幻臆想，因此，这场争论应该回归科学和理性。
黄乐平表示目前专家对转基因意见不一。他也认同争论应该回归科学和理性，并表示向农业部申请信息公开的目的正在于此。黄乐平说，“我是一个律师，不可能对转基因技术本身的优劣进行评判，我只是希望权威部门公开大家关心的信息，让社会公众能够详细了解、合理判断，并拥有选择的权利。”
黄昆仑也建议，政府部门应尝试建立食品安全的风险交流机制，使信息和观点在相关方之间能够顺畅地交流。“风险交流是食品安全管理的重要环节，转基因食品也一样，这将对促进社会就转基因达成基本共识发挥重要作用。”黄昆仑说。
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